农业微生物重点实验室是依托我校微生物学省级重点培育学科建成的，该实验室将立足陇东南丰富的生物资源和果品、中药材、经济林等农业支柱产业的持续发展，采用现代生物技术手段，从农业有益微生物的利用和有害微生物的防治两个方面开展应用研究，创制新型高效安全的微生物制剂与产品，为农业可持续发展提供新技术、新方法。该学科近年来承担和完成各级各类项目16余项，获各级各类奖励7项，发表论文300余篇，出版专著教材8部，发明专利8项。其中，部分研究成果如高纤维素酶活的黑曲霉AM-8、航天诱变的大曲及其双歧杆菌等已在生产中应用，为企业带来了较好的经济效益。